盐城市拥有江苏唯一的世界自然遗产中国黄（渤）海候鸟栖息地，市境内绵延数百千米的滩涂湿地拥有丹顶鹤和麋鹿两个国家级自然保护区和一个在建的中华鲟自然保护区。
中国黄（渤）海候鸟栖息地（第一期）位于江苏省盐城市，主要由潮间带滩涂和其他滨海湿地组成，拥有世界上规模最大的潮间带滩涂，是濒危物种最多、受威胁程度最高的东亚-澳大利西亚候鸟迁徙路线上的关键枢纽，也是全球数以百万迁徙候鸟的停歇地、换羽地和越冬地。这些物种包括全球仅存数百只的勺嘴鹬，全球野生迁徙种群仅存1000余只的丹顶鹤，全球仅存3000余只的白鹤，以及全球几乎所有的小青脚鹬、大滨鹬和大杓鹬。
二、中华麋鹿园
江苏大丰麋鹿国家级自然保护区位于黄海之滨，保护区总面积 78000公顷，其中核心区2668 公顷，缓冲区2220 公顷，实验区73112 公顷。
江苏大丰麋鹿国家级自然保护区是世界占地面积最大的麋鹿自然保护区，拥有世界最大的野生麋鹿种群，建立了世界最大的麋鹿基因库。
经国务院批准，林业部和江苏省在此联合建立麋鹿自然保护区，由林业部投资120万元，于1985年着手建设。保护区分为三个放养圈，核心圈面积45亩，中圈1815亩，外圈1.3140万亩，都用铁栅栏围成，以逐步扩大麋鹿群活动圈。保护区内以铺设砂石公路，建有管理人员工作室和生活用房，并接通高压电源，供区内照明和开发使用。
1986年，依托从英国引进的39头麋鹿，在黄海滩涂的大丰麋鹿自然保护区。经过两年的“引种扩群”和十年的“行为再塑”两个阶段后，保护区从1998年开始着手实施拯救工程的第三个阶段：“野生放归”。十年间四次放归53头麋鹿，经过十年艰辛探索，野生麋鹿每年递增13.2%。已经形成了118头的野生种群。截至2013年9月大丰麋鹿总数达到2027头。